El boquerón es un pescado azul que, al igual que ocurre con estas otras especies, su grasa presenta un alto contenido en ácidos omega-3. Como el resto de pescados, es una fuente de proteínas de alto valor biológico, destacando además vitaminas de los grupos B, A y D. En el grupo B sobresalen la B2, B3, B6, B9 y B12, que activan el sistema defensivo y nervioso, además de facilitar el aprovechamiento de nutrientes como los hidratos de carbono, grasas y proteínas. Los grupos de vitaminas A y D, liposolubles, contribuyen a una mejor resistencia contra las infecciones y mantienen los tejidos.
Los minerales relevantes presentes en el boquerón son magnesio, yodo y hierro. El primero posee un ligero efecto laxante y favorece el correcto funcionamiento de intestinos, músculos y nervios. El yodo se relaciona con la regulación de la glándula tiroides y sus numerosas funciones metabólicas como el crecimiento y desarrollo del cerebro en el feto. Finalmente, el hierro actúa en relación a la hemoglobina por lo que facilita el transporte de oxígeno a las células.